Много лет назад Бог самых первых ниндзя создал орден алой тени, состоящий из множества выдающихся учеников. Со временем, убеждения учеников внутри ордена разошлись и алая тень распалась на две фракции — Алую Фракцию и Фракцию Тени. Конфликт между двумя фракциями постепенно обострялся, вплоть до тех пор, пока между ними не началась война. Чтобы избежать кровопролития, две фракции решили, что каждые 10 лет они будут выбирать лучшего Алого ниндзю и лучшего Теневого на дуэль. Победитель унаследует титул Грандмастера Алой тени, под покровительством которого, обе фракции будут учиться в соответствии с кодексом ниндзя, оставленным их Богом. Но 10 лет назад появилась тень, обладающая исключительной способностью, которую можно увидеть только один раз в 100 лет. Даже Алая Фракция признала его талант. Но в тот день, когда эта тень унаследует титул Алой Тени, дабы объединить две враждующие фракции и воскресить славу Ордену Алой Тени, произошли ужасные события, которые изменили мир ниндзя навсегда.

Во время выполнения миссии, тень жестоко убила лидера Алой фракции и вернулась, чтобы утвердить своё Верховная Господство над двумя фракциями. Предательство своих товарищей является самым непростительным грехом среди ниндзя и разгневанные члены двух фракций решили принять меры.

Они послали лучших элитных ниндзя из двух фракций, чтобы окружить тень. Последовавшая битва была самая беспощадная в истории Алой Тени. Две группы элитных ниндзя были убитые и раненая Тень, оставленная в живых, вернулась в лагерь, чтобы рассказать об этих ужасных событиях.

Это битва сильно ослабило фракции вновь разделив их. В конце концов, две фракции пришли к соглашению. Была объявлена охота за головой предателя и тот, кто выполнит это задание на всегда станет Грандмастером Алой Тени. Патриарх фракции тени выбрал молодого Хаябусу для прохождения подготовки с этой целью. Он обучил его тайным методам теневого манипулирования.

И, как предсказывала легенда, 10 лет спустя он стал самым сильным ниндзя, которого когда-либо видела фракция Тени из стал полноправным членом фракции. Тем не менее, Хаябуса знал в своем сердце, что его единственной целью было убить бывшую Тень. Когда она вновь появилась на Землях Рассвета, Хаябуса знал, что день расплаты не за горами…